L’Association des universités et collèges du Canada a vu le jour en 1911 lors d’une réunion de recteurs tenue à Montréal. Ceux-ci voulaient discuter des questions à soulever au Congress of Empire Universities qui aurait lieu l’année suivante à Londres. L’année 2011 marquait donc son 100e anniversaire.
Reconnaissant la nécessité d’établir un organisme d’envergure nationale pour échanger de l’information et discuter d’enjeux communs, les recteurs ont participé à une autre rencontre en 1915; 26 représentants de 18 universités y étaient présents. Le groupe a été officialisé en 1917 sous le nom de Conférence nationale des universités canadiennes, et décrit comme « la voix et la conscience des établissements d’enseignement supérieur au Canada ». En 1965, l’AUCC a été constituée par le Parlement du Canada.
Quels que soient son nom et sa structure organisationnelle, l’AUCC assume depuis sa création son rôle de chef de file en enseignement supérieur, au Canada comme à l’étranger.